- La Paz - Rurrenabaque
- Trinidad - Rurrenabaque

Desde La Paz se accede por el camino a los Yungas, el tiempo de viaje en estación seca es de 15 horas y en época de lluvias de 23 horas. Desde Trinidad el viaje es directo y dura 8 horas.

Por vía aérea:

- La Paz – Rurrenabaque
- Trinidad – San Borja – Rurrenabaque
- Santa Cruz – Trinidad – Rurrenabaque
- San Borja – Rurrenabaque

Existen 2 aerolíneas que realizan vuelos frecuentes: AMAZONAS y Transporte Aéreo Militar (TAM).