En el transporte marítimo, la adopción de la Decisión 288 permitió eliminar la reserva de carga a nivel andino, lo que posibilitó una significativa reducción de fletes y una mayor oferta de bodega para el comercio de productos.

Posteriormente, esa norma comunitaria fue complementada con la Decisión 314 la misma que, además, señaló las Políticas para el Desarrollo de la Marina Mercante en los Países Andinos cuyo objetivo es la armonización de políticas de transporte marítimo y la mejora en la competitividad de las empresas del sector.

Además, la Decisión 390, que modificó algunos artículos de la Decisión 314, establece los mecanismos para que los Países Miembros puedan actuar comunitariamente frente a terceros países que incurran en acciones discriminatorias contra empresas de transporte marítimo de la Subregión. En este sentido, el Reglamento para la aplicación comunitaria del principio de reciprocidad en el transporte marítimo, fue aprobado por Resolución 422 de la Junta del Acuerdo de Cartagena, de fecha 05 de agosto de 1996.

El 7 de diciembre de 2000, la Comisión de la Comunidad Andina adoptó la Decisión 487 sobre Garantías Marítimas y Embargo Preventivo de Buques con el propósito de promover y fortalecer las Marinas Mercantes de la Subregión, con una legislación moderna y armonizada de garantías marítimas (hipoteca naval y privilegios marítimos) y embargo preventivo de buques, a fin de disponer de un marco normativo comunitario, que ofrezca las garantías adecuadas a las inversiones que se realicen en el transporte acuático.