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Creado el 25 de octubre de 1979, el Parlamento Andino es el órgano deliberante del SAI de naturaleza comunitaria, que representa a los pueblos de la Comunidad Andina. Sus representantes son elegidos por los Congresos Nacionales y en un futuro próximo serán designados en elecciones directas y universales, de acuerdo al Protocolo Adicional al Tratado Constitutivo, firmado en abril de 1997. En el caso de Venezuela, Ecuador y Perú sus representantes ya fueron elegidos en elecciones directas.

Sus funciones son participar en la generación normativa del proceso, mediante sugerencias, a los órganos del Sistema, de proyectos de normas de interés común. Asimismo, se encarga de promover la armonización de las legislaciones de los Países Miembros y las relaciones de cooperación y coordinación con los Parlamentos de los países andinos y de terceros países.

En abril de 1997, se adoptó el Protocolo Modificatorio de su Tratado de Creación y del Protocolo Adicional sobre Elecciones Directas y Universales de sus representantes, que adecuó el Tratado constitutivo a las disposiciones emanadas de la Cumbre Presidencial de Trujillo y fijó los procedimientos para las elecciones directas y universales de sus representantes.