La Secretaría General y el Tribunal de Justicia de la Comunidad Andina son los órganos competentes para administrar y resolver los procedimientos y las controversias derivadas de la aplicación del ordenamiento jurídico de la Comunidad Andina.

En su condición de órgano ejecutivo de la Comunidad Andina, la Secretaría General debe velar por el cumplimiento del ordenamiento jurídico comunitario y para ello dispone de un poder resolutivo propio, en las materias previstas en el Acuerdo de Cartagena, tales como, requisitos específicos de origen, determinación de restricciones y gravámenes, diferimientos arancelarios, salvaguardias, dumping, subsidios y competencia comercial de acuerdo a lo establecido en la Decisión 425. De igual manera dispone de un poder resolutivo en las materias que la Comisión de la Comunidad Andina o el Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores le delegue las que pueden ser de de naturaleza normativa o administrativa. La Secretaría General, además, administra la fase prejudicial de la acción de incumplimiento, mediante un procedimiento regulado por el Reglamento de la Fase Prejudicial de la Acción de Incumplimiento, establecido mediante la Decisión 623.

El Tribunal de Justicia de la Comunidad Andina, por su parte, es el órgano jurisdiccional encargado de dirimir, en forma definitiva, las controversias que se deriven de la aplicación e interpretación del ordenamiento jurídico comunitario. Sus competencias se encuentran previstas en el Tratado del Tribunal de Justicia de la Comunidad Andina y desarrolladas en su Estatuto - Decisión 500.

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